Minęło 30 lat od wydarzeń z pierwszej gry Flashback. Conrad B. Hart powraca na Ziemię z kriogenicznej komory, by odkryć, że planeta została skolonizowana przez obcą rasę zwaną Morphami. Ludzkość została zniewolona, a Ziemia zamieniona w jałowy pustkowie.
Conrad musi ocalić resztki ludzkości przed zagładą. W tym celu wyrusza w niebezpieczną podróż across the globe, walcząc z Morphami, infiltrując ich bazy i uwalniając ocalałych.
Podczas swojej misji Conrad odkryje mroczne sekrety Morphami i pozna prawdę o swoim własnym przeznaczeniu.