Історія починається 6 лютого 2036 року, коли аварія за участю скажених комп’ютерів руйнує багато великих міст у всьому світі. Масштабну катастрофу охрестили проблемою 2036, але подібний інцидент, за прогнозами, станеться в 2038 році. Тому група вчених використовує суперкомп’ютер Gaia, щоб створити симулятор Землі, щоб запобігти цьому, але це не вдається, оскільки потенціал народження людини різко впав.
Тоді вчені вводять формулу повідомлення Аресібо в симулятор Землі, фактично переносячи людство в інший світ. Спочатку вони схвильовані, поки не розуміють, що люди в Симуляторі Землі самі створили інший Симулятор Землі. Вчені починають підозрювати, що насправді вони є лише продуктом Симулятора Землі від істот над ними.
Сюжет зосереджується навколо Такаоки Поллона, хакера, який може зберігати та завантажувати, як у відеогрі. Використовуючи свою Hack Trigger System, він може втручатися в світ навколо себе.
