З моменту подій першої гри Flashback минуло 30 років. Конрад Б. Харт повертається на Землю з кріогенної камери, щоб виявити, що планета була колонізована інопланетною расою під назвою Морфи. Людство було поневолено, а Земля перетворилася на безплідну пустку.
Конрад повинен врятувати залишки людства від знищення. Для цього він вирушає в небезпечну подорож земною кулею, борючись із морфами, проникаючи на їхні бази та звільняючи тих, хто вижив.
Під час своєї місії Конрад розкриє темні таємниці Морфамі та дізнається правду про власну долю.