Alphadia Genesis to kronika epickich przygód Freya i jego zespołu śledczego z Królestwa Arklin, którzy wyruszają na poszukiwanie tajemniczego morderstwa w pobliskim mieście. Po wstępnym dochodzeniu do Freya i jego towarzyszy dołączają delegaci z Królestwa Halzabin.
Prowadzi to do rosnących napięć, ponieważ stosunki między królestwami Arklin i Halzabin były trudne od czasu „wojny energetycznej” związanej z wojnami klonów, która miała miejsce 15 lat przed rozpoczęciem wspólnego śledztwa.
Nieoczekiwane zwroty akcji czekają Freya i jego kolegów, gdy wkrótce odkryją, że w tej sprawie może kryć się więcej, niż się wydaje...