Touhou Spell Carnival jest oficjalnie uznanym dziełem pochodnym opartym na projekcie Touhou. Gensokyo to odległa, odizolowana kraina, w której ludzie i youkai żyją obok siebie. Pewnego dnia Reimu Hakurei, służąca w świątyni Hakurei, zauważa tajemnicze filary górujące nad różnymi miejscami w Gensokyo. Filary te sygnalizują rozpoczęcie Karnawału Zaklęć, festiwalu organizowanego przez Yukari Yakumo, w którym uczestnicy muszą używać swoich kart zaklęć w walce. Aby poznać prawdziwe intencje Yukari Yakumo, która tak niespodziewanie zainicjowała Karnawał Zaklęć, Reimu Hakurei dołącza do walki o karty zaklęć.