Zawartość gry Seeker of Destiny II opisuje historię dorastania niegrzecznego nastolatka, Zhuge Yu. Rodzice Zhuge Yu zmarli przedwcześnie, gdy był dzieckiem, a gdy dorósł, dowiadując się o czynach swoich rodziców przeciwko śmierci potężnych urzędników, postanowił sprawić, by człowiek, który wrobił jego rodziców, poniósł zasłużoną zbrodnię i odziedziczył po rodzicach wolę wykorzenienia skorumpowanych urzędników. W grze gracz wciela się w rolę Zhuge Yu i rozwiązuje różnego rodzaju skomplikowane i zagmatwane sprawy.W końcu, prawda jest odkrywana krok po kroku, niszcząc tajnego masterminda i osiągając czysty i uczciwy świat.