Superbohaterowie najlepiej współpracują, gdy łączą siły przeciwko złowrogim przeciwnikom. Ale nie zawsze wszyscy trafiają do jednej drużyny. Mimo że ich wspólnym celem jest pokonanie superzłoczyńców, czasem rywalizują między sobą o to, kto zada decydujący cios. Rozszerzenie Marvel United: X-Men - Blue Team wprowadza tryb „drużyna kontra drużyna”. W tym formacie gracze dzielą się na dwie drużyny po dwóch lub trzech graczy, co pozwala na grę aż sześciu osobom jednocześnie! Obie drużyny starają się pokonać superzłoczyńcę, ale jednocześnie rywalizują o chwałę i uznanie za jego pokonanie.
W rozszerzeniu Blue Team przeciwnikiem jest Mr. Sinister, który próbuje ukraść materiał genetyczny z całego miasta, aby zrealizować swoje nikczemne plany.
